Ru­pert wirkte eine Zeitlang in Re­gens­­burg und erhielt dann von Theo­do den Auftrag und die Erlaubnis, seine Mis­sions­tä­tigkeit nach Gutdün­ken an an­deren Orten in Bayern fort­zuset­zen.

So fuhr er donauab­wärts, wohl mit dem Ziel, Awaren und Sla­ven zu mis­sionieren – ein Vor­haben, das er aufgrund der Kriege und Zerstö­run­gen an der Landesgren­ze aber gleich wieder aufgeben muss­te. So zog er weiter, baute seine erste Kirche in See­kirchen am Wallersee und ließ sich schließlich an dem für seine Mis­sionierung günstigsten Ort nie­der: in der alten Römerfeste Juvavum. Dort gründete er zwei Klöster, St. Pe­ter für die Männer, das Nonnberg­klos­ter für die Frauen.

Herzog Theodo schenkte ihm das um­liegende Land und Rupert scheute, so heißt es, kei­nen noch so beschwerli­chen Weg durch Täler und über steile Bergpässe, um das Volk auch noch auf den entfern­testen Almen im wahren Glauben zu unterrichten.
Der Mythos berichtet von Ruperts Wir­­ken als Salzheiliger. In Bad Rei­chen­hall soll er mit seinem Bischofs­stab auf ei­nen Felsen geschlagen ha­ben, worauf­hin eine verloren ge­glaub­­te Solequel­le entsprang, die zum Quell des baye­rischen Salzes und zur Lebensgrund­lage Bad Reichenhalls wur­de. Rupert erhielt vom bayeri­schen Herzog ein kostbares Ge­schenk: ein Drittel der Rei­chenhaller Sole­quellen und die Stadt Juvavum. Selbige ist heute freilich besser be­kannt unter dem Namen, den sie kurz nach Mitte des 8. Jahr­hunderts er­hielt: Salzburg.
Das Koster St. Peter ist heute das im deutschen Sprach­raum älteste erhal­tene Kloster, das nach der benedikti­nischen Regel lebt – und Kloster Nonnberg das älteste ununter­bro­chen be­ste­hende christliche Frau­enkloster der Welt.